ARIA files
- atomnames.xml
- src/py/data/atomnames.xml: ARIA atom names for the modified residues
- Nomenclature.py
- src/py/legacy/Nomenclature.py
- AminoAcid.py
- src/py/legacy/AminoAcid.py
- iupac.xml
- src/py/data/iupac.xml
- PseudoAtom.py
- src/py/legacy/PseudoAtom.py